HPV vírus napáda predovšetkým metaplastické bunky transformačnej zóny krčka maternice. Dostatočná epitelizácia krčka maternice neposkytuje vhodné prostredie pre kolonizáciu HPV.
Zmeny vo vaginálnom prostredí prispievajú k strate funkčnosti epiteliálnej bariéry krčka maternice. Podieľajú sa taktiež na prenose a pretrvávaní HPV vírusu, ako aj následnej tvorbe neoplastických foriem.